Třetí řada vypadá trochu jako patchworková pokrývka - taky se skládá zhusta z jednotlivých ohraničených kusů, přičemž každý ale tvoří pevně danou část mozaiky. Vévodí tomu animovaná zpracování slavných ság věnující se Phoenix a jejímu horšímu já Dark Phoenix.

Lady Deathstrike se objevuje, aby rozmnožila skupinu žen, jež jdou svému bývalému partnerovi po krku, a přispívá k plynulému rozšiřování osvětlování Wolverineovy minulosti, jíž se věnuje v nemalé míře poslední díl.

Nějaké špinavé rodinné prádlo se vytáhne i na Summerse, Archangel zazvoní plechovými křídly výzvu k pomstě Apocalypsovi a na skok se zastaví i další z původní komiksové sestavy X-Menů, Iceman, cool jako obvykle. Ještě jednou se podíváme do Savage Landu, kde jsou i kameny nějak živější než by měly být (asi je pilně zalévají) a také poznáte, proč se vyhýbat obloukem Alpám, když X-Meni vyrazí na prázdniny. Jo a umře Jean. Nečekaně.

Epizody:

Out of the Past, part I.
Lady Deathstrike, dříve Yuriko, Wolverineova dívka, nyní vraždící kyborg, přichází do Ameriky, aby se pomstila muži, jehož kdysi milovala, protože je přesvědčena, že způsobil smrt jejího otce. Wolverine se od ní nechá vlákat do morlockých tunelů, kde je skryta havarovaná mimozemská loď, jež mu má přinést zkázu.

Out of the Past, part II.
Ukazuje se, že ona loď je vězeňské plavidlo zadržující shi'arského Žrouta duší. Přízračné stvůře se podaří uniknout a útočí na každého, kdo je v dosahu. Pohltí kromě jiných i Jubilee a samotnou Lady Deathstrike. X-Meni se ho budou muset pokusit zastavit aniž by ublížili obětem, což zřejmě nebude jednoduché.

The Phoenix Saga: Sacrifice
Profesor zachytí neznámé volání o pomoc natolik naléhavé a tak děsivého obsahu, že neprodleně vysílá X-Meny na vesmírnou stanici Starcore. Tam se střetávají s Rudým Ericem, jehož cílem je zničit přilétající princeznu Lilandru. Stanice se hroutí, Eric uniká a poškodí raketoplán X-Menů. Autopilot je zničen a loď vystavena smrtícím vlivům okolí. Jean je jediná schopná pokusit se pilotovat, ale ani ona nemůže vydržet dost dlouho.

The Phoenix Saga: Dark Shroud
Těla Jean Greyové se zmocňuje entita zvaná Phoenix, s jejíž pomocí dovede raketoplán na Zem. Jean končí v nemocnici a i s Profesorem se děje cosi divného. Hledá odpočinek v Irsku, ale jeho noční můry si ho najdou i tam a co víc, ohrožují i jeho nejdražší.

The Phoenix Saga: Cry of the Banshee
Lilandra přichází opět prosit profesora Xaviera o pomoc. Je unesena a X-Meni, kteří se obávají o Jeanin stav, jsou povoláni na pomoc a tážou se, jestli Xavier nezačíná cvokatět. Záhy se ovšem ukazuje, že má pro své obavy dobrý důvod - Země stojí na prahu mezigalaktického konfliktu a na nich je ho zažehnat.

The Phoenix Saga: Starjammers
X-Meni s Lilandrou se snaží zabránit princeznině bratru, císaři D'Kenovi získat nepředstavitelně mocný krystal M'Kraan, jímž by mohl zničit vesmír. Phoenix je přenese na Lilandřinu loď, kde se střetávají nejen s císařem, ale i s dalšími zájemci o artefakt: Starjammers.

The Phoenix Saga: Child of Light
D'Ken dosáhl svého cíle. Krystal je jeho a on má teď v rukou jeho moc. M'Kraan však vysává energii z okolního systému a hrozí zničit vše. Jedinou nadějí se zdá být Phoenix, které však hrozí nebezpečí, že pro záchranu světa bude muset obětovat sebe i Jean.

Savage Land, Savage Heart, part I.
Sauron, samozvaný svržený vládce Savage Landu, na pokyn Garokkovy kněžky unese Storm a přivede ji do Savage Landu. Pod náporem Sauronových hypnotických sil se mutantka přestane kontrolovat a pustí z řetězu živly, jimž vládne...

Savage Land, Savage Heart, part II.
Storm běsní jako nikdy v životě a z její energie získává sílu také Garokk, živoucí kámen, který se rovněž prohlašuje za vládce země. X-Meni s pomocí Ka-Zarova národa musí najít způsob, jak ho porazit dříve, než se stane příliš silným, a ještě k tomu pomoci Storm.

Obssession
Někdejší Apocalypsův Jezdec Archangel zasvětil svůj život pokusům zničit svého bývalého pána. Rogue se rozhodne mu v tom pomoci (navzdory uraženému funění žárlivého Cajuna opodál), ale nakonec možná nebude stačit ani celý tým, aby dokázal takového nepřítele, jako je Apocalypse, zdolat.

The Dark Phoenix: Dazzled
Profesor Xavier a Moira MacTaggertová se snaží pomoci Jean vymanit se z kontroly Phoenix. Scott mezitím hledá povyražení v diskoklubu, kde pomůže z maléru zpěvačce Dazzler, která s ním začne flirtovat. Jean propadne žárlivosti a stává se snadnou obětí iluzorního útoku Vnitřního kruhu Hellfire Clubu snažící se získat ji do svých řad.

The Dark Phoenix: Inner Circle
Dvě strany vehementě bojují o Jean. X-Meni se stávají zajatci Vnitřního kruhu, jemuž nyní vládne Jean jako Černá královna a své někdejší přátele neváhá poslat na smrt. Poslední nadějí se tak stává psychické pouto mezi Scottem a Jean, které by jí mohlo pomoci prohlédnout Wyngardovu iluzi... pokud ještě nebylo přeťato.

The Dark Phoenix: Dark Phoenix
Phoenix je volná a odmítá žádost mutantského týmu opustit Jeanino tělo. Rozpoutá se bitva mezi X-Meny a Phoenix, kdy stačí jen málo, aby je všechny zahubila. Opouští sluneční soustavu a putuje vesmírem. Když se Shi'arové stanou svědky, jak Phoenix "povečeří" celý solární systém, rozhodnou se ji ve jménu záchrany všeho živého zničit.

The Dark Phoenix: The Fate of Phoenix
Mutanti dostávají jedinou šanci, jak zachránit Jean: porazit shi'arskou Císařskou stráž. Pokud selžou, Phoenix a s ní i Jean zemře. Avšak i oni sami musí být připraveni její život zkrátit, pokud by ji měla temná kosmická entita ovládnout natrvalo. Ale... dokážou to?

Cold Comfort
Do přísně tajného vojenského zařízení se vloupal mutant. Je to Iceman, jeden z původních studentů profesora Xaviera, jež dělá samozřejmě vše pro to, aby ho dostal z maléru. Chce samozřejmě znát důvod jeho konání. Iceman se však odmítá svěřovat jen tak někomu. A dílem náhody se jeho největším zastáncem stává Jubilee.

Orphan's End
Na Zemi přistává poškozená kosmická loď prchající před shi'arskou armádou. K velkému překvapení Cyclopse a Storm je jedinou posádkou lodi Corsair. Vesmírný pirát je prosí o pomoc a přidává jeden pádný argument: prohlašuje se Cyclopsovým otcem. Je to však dost, aby x-menský velitel hledanému zločinci pomohl?

Juggernaut Returns
Mnoho lidí touží mít Juggernautovu sílu, ale jen jedinému se zdaří najít Cyttorakský rubín, jenž je té moci zdrojem. Avšak když síla přejde na jiného, Cain Marko se ocitne na prahu smrti. Profesor Xavier chce bratra zachránit a tak se X-Meni pustí do vskutku neobvyklé mise.

Nightcrawler
Logan, Rogue a Gambit se vypravili na lyžařský výlet do Německa. Wolverine náhodou zaslechne, že v místním klášteře se údajně skrývá démon. Vyhlašuje na obludu neprodleně lov a nevědomky tak odstartuje kolotoč událostí, které jim ukážou, že věci nemusí být často takové, jaké se zdají na první pohled. Navíc se nabízí otázka, co je větší hrozba pro okolí; zda démon, nebo Gambit na lyžích.

Weapon X, Lies, & Videotape
Štvaný nočními můrami a vzpomínkami vyráží Wolverine s Hankem na místo, kde by se mohly skrývat odpovědi na otázky z jeho minulosti. Ve zničené základně však nachází víc by čekal. Není sám, kdo by rád znal pravdu. Otázka zní: je moudré odkrývat věci dávno pohřbené?