Škola mezi řadami nabrala spoustu nových studentů...a s nimi i spoustu nových trablů. Ať už je to Iceman, který nechává námrazu kde může, Tabitha, co má zvláštní zálibu v explozích na těch nejnepatřičnějších místech, Wolfsbane, která pelichá kde může, nebo Cannonballa, po jehož návštěvě kdekoli zpravidla další návštěvu tvoří zedníci.

Druhá řada přidává do mlýnku ještě pár dalších mutantů včetně Beasta. Záporáci, kteří se měli rozložit na molekuly spolu s Asteroidem M jsou ovšem stále naživu. Sabretooth pokračuje ve své honbě na Wolverinea, Magneto seskupuje nový tým, kterým by nahradil Bratrstvo a Mystique, kterou vyrazili z pozice ředitelky školy se stále snaží dostat X-menům pod kůži: v podobě Risty se skamarádí s Rogue a na nepodařené párty získá Xavierova data uchovávaná Cerebrem.

S těmihle znalostmi začíná jednat. Z nápravného zařízení vytáhne Magnetovu dceru Wandu a sjednotí poněkud pošramocené Bratrstvo. A plesk, ono to funguje! X-meni jsou poraženi, zatím.

Jedna epizoda pak do série jako by nepatřila. V Mindbenderu mutant Mesmero otevře jedny ze tří dveří chránících svět před...ale to se dozvíte později.

Profesor Xavier mezitím X-meny připravuje na finální souboj s Magnetem a jeho skupinou mutantů, přičemž se nebojí dát tým dohromady právě s Bratrstvem. Zatímco se dva perou, třetí se směje - škola je nastavená na sebezničení. Mutanti uvnitř se sice nakonec zachrání, ale budova je nenávratně v prachu a suti. Po návratu z mise Cyclops obviní profesora Xaviera ze zrady týmu a shodí ho z jeho kolečkového křesla. A co se nestane - Xavier vstane jako by se nechumelilo, změní se v Mystique a zmizí. Studenti jsou bez učitele.

Epizody:

Growing Pains (Rostoucí napětí)
Scott, Kurt a Kitty se připletou k dopravní nehodě a aby zabránili nejhoršímu, jsou nuceni použít své schopnosti. Profesor jim zrovna nepoděkuje, jelikož tvrdí, že veřejnost by měla být o vědomost existence mutantů prozatím ochuzena. To však půjde jen do chvíle, kdy bývalé Bratrstvo vezmě věc do svých rukou.

Power Surge (Síly puštěné ze řetězu)
Jean se na předávání ceny za nejlepší hráčku fotbalového týmu psychicky složí. Ovšem, tohle nebude mít nic s náhlým přívalem radosti, jak by to mohlo vypadat. Naopak, začínají tím potíže poněkud déletrvajícího charakteru, které si mimo jiné vyžádají Scottovu koupel...a renovaci chodby před ošetřovnou.

Bada-Bing, Bada-Boom (Bada Bing, Bada Bum)
Nightcrawler a BoomBoom si za své extempore při ranním tréninku vyslouží domácí vězení (a pár dalších trestů včetně dvojitých seancí v DR pod vedením Logana), ale dole v Bayvillu se právě koná pouť a mladí mutanti ji samosebou nechtějí prošvihnout. Zákaz nezákaz večer proklouznou...a malér na sebe nenechá dlouho čekat.

Fun and Games (Večírek)
Vždycky je to sranda, než si někdo vypíchne oko... Profesor Xavier má plné ruce práce se svým nevlastním bratrem, kterému se evidentně poškodila cela a hrozí, že unikne, Wolverine a Storm jsou kdoví kde. Stačí jen uklidit někam Scotta a Jean a mladí X-meni si můžou uspořádat nevázanou párty. Jenže když pozvete obyčejné smrtelníky, kteří Cerebro považují za nejnovější druh počítačové hry, rozhodně to nedopadne úplně nejlépe...

Beast of Bayville (Netvor z Bayvillu)
S učitelem chemie není něco v pořádku. Chytají ho chutě zakousnout studenty, ovládá ho neovladatelná touha rozmlátit školní umývárnu, a Spykeovo ulejváctví mu na klidu v duši rozhodně nepřidává. To by se ještě dalo zvládnout, ale když profesor McCoy obroste hustou modrou srstí a rozběhne se směrem k městu, tak teprve začne jít do tuhého.

Adrift (Vlnám napospas)
Scott si vybere volno, aby po dlouhé době zase navštívil bratra, a vyrazí s ním surfovat. Tropické počasí je ovšem nepředvídatelné a oba dva se z rozmaru přírody ztratí na moři. Ostatní X-meni tak hrají o čas, protože šance bratrů na přežití v tropické bouři minutu od minuty klesá.

On Angel's Wings (Andělská křídla)
Na Vánoce zůstává Xavierův institut téměř prázdný - zůstávají jen ti, kteří nemají, kam by se na svátky vrátili, což znamená Hank, Charles, Rogue a Scott. Ovšem ani tak si moc neodpočinou. Vánoce jsou sice svátky klidu, míru a zázraků, ovšem i standartní míra zázraku má své meze a záhadný muž poletující nad městem na andělských křídlech a zachraňující co mu přijde pod ruku k nim rozhodně nepatří.

African Storm (Africká bouře)
Evan je poslední dobou roztržitější než obvykle (ano, jde to) a ohrožuje tak chod celého týmu. Dožene to až tak daleko, že je Storm nucena sáhnout po krajním řešení - jeho vyloučení z Institutu. Ovšem štěstí stojí na Spykeově straně, protože dostane ještě jednu poslední šanci. Ororo totiž začnou pronásledovat přízraky minulosti...

Joyride (Zběsilá jízda)
Lance Alvers se rozhodne pro zásadní obrat - odejít od Bratrstva a přidat se k X-menům! Někteří jsou z toho nadšeni, jiným je to jedno... a pak je tu Scott Summers, který je pomalu nepříčetný. Nevěří Avalancheovi ani nos mezi očima, natož pak tvrzení, že vůbec nemá nic společného se záhadnou demontáží týmového vozového parku.

Walk on the Wild Side (Rozjet to naplno)
Když se Scott ukáže jako...ehm...'hrdinný muž' a zachrání Jean a Amaru při ranním tréninku před 'jistou smrtí', je to ta poslední kapka. Dámy mají už víc než jen dost pozice princezen v nesnázích, hodlají vzít věc do vlastních rukou. A když se přidají ještě Tabitha, Kitty a Rogue, tak se zločinci v celém Bayvillu můžou začít třást. Přicházejí Sirény.

Operation: Rebirth (Operace: Znovuzrození)
Na jedné ze 'spanilých jízd' si Wolverinea vyhlédne Nick Fury a pod pohrůžkou trvalé újmy na zdraví jeho motocyklu si vymíní spolupráci na záležitosti státního významu - z tajných laboratoří byl zcizen přístroj, který dal kdysi život Kapitánu Amerikovi. Loganovi tak nezbývá než vyrazit na další záchrannou misi a tuší přitom, že se nepříjemně dotkne citlivého místa jeho vzpomínek.

Mindbender (Hlavolam)
Jean má sny o cirkusových klaunech, které by se sice mohly zdát neškodné, ale jako obyčejně, definice neškodnosti je od reality někde úplně jinde. A tak se ve výsledku telepat Mesmero se zmocní Jeaniny mysli (a ona následně myslí půlky týmu) a využije ji ke svým, ne zrovna dvakrát ušlechtilým cílům.

Shadow Dance (Stínový tanec)
Kurta navštěvuje jeho starý známý, Forge, s nejnovějším plánem na vynález - chce sestrojit zařízení, které by umožnilo Nightcrawlerovi teleportaci na velké vzdálenosti. Jakmile X-man zjistí, co to obnáší, z projektu vycouvá...ale projekt sám se nezdá vzdát tak snadno.

Retreat (Útěk do divočiny)
Hank se poslední dobou zdá nějaký skleslý. V Institutu má prakticky domácí vězení, ve městě se už vůbec nesmí ukázat...a tak Kitty navrhne, že by mohl vzít studenty na terénní výpravu. Beast přijme celkem nadšeně, studenti sami pak už méně nadšeně, a můžou vyrazit. Jenže v lese číhá něco mnohem záludnějšího, než je banda komárů, nejedlých bobulí a mravenců v trenkách.

The Hex Factor (Čarodějnický faktor)
Z ústavu pro...řekněme duševně vyšinuté prchne (s drobnou asistencí Mystique) Xavierova 'pacientka', mladá mutantka s obrovským potenciálem. A jelikož nebyla na dotyčném místě zavřená jen tak pro nic za nic, může se hned několik vybraných jedinců začít třást, jelikož je prakticky nevypočitatelná. A taky pěkně naštvaná. Na prvním místě seznamu nestojí nikdo jiný než Quicksilver. Ne, není to jeho bývalá, je to něco mnohem horšího. Jeho sestra.

Day of Reckoning (Den zúčtování), část I.
Wolverine je při jedné z výprav zajat a tým mu vyráží na pomoc. Na obzoru se ovšem narýsuje jiná hrozba, která donutí ke sjednocení i odvěké rivaly - X-meny a Bratrstvo - a tou není nikdo jiný než Magneto. Ovšem nic není jak se zdá a ve stínech číhá ještě něco horšího. Mnohem horšího...

Day of Reckoning (Den zúčtování), část II.
Do bitvy X-Bratrstva s Magnetem zasáhne náhle třetí strana. Obludnější, větší a taky poněkud plechovější než oba dosavadní soupeři. Ale dokáží ti alespoň na chvíli ustat v pokusech zavraždit sebe navzájem, aby se stroji určenému ulovit a zabít jakéhokoli mutanta postavili?